في المغرب: السوس هو أكثر أنواع الأمراض التي تصيب الجزر

يصاب الجزر بالعديد من الأمراض التي تؤدي الى خسارة المزارعين للمحاصيل أو ضعف في الإنتاج وغياب في الجودة في حالة ما إذا لم تتم معالجتها.
سوس الجزر: يمكن اتباع دورة زراعية مع العودة للجزر بعد 4 الى 5 سنوات، وللتخلص من البقايا النباتية، يجب تعقيم البذور في الماء الدافئ بحرارة (52) درجة مئوية لمدة 15 دقيقة ثم نقلها للماء البارد مع المحافظة على ظروف التخزين للجزر في درجة حرارية ليست أعلى من (0-1) درجة مئوية ورطوبة جوية من 85 الى 90 %.
اصفرار الجزر: تسببه ميكوبلزما وتظهر الأعراض الأولى في شكل اصفرار للأوراق ثم نمو كثيف للفروع ثم تلتوي الأوراق القديمة وقد تسقط وتصبح الأوراق برونزية الشكل، ويتشوه الجذر وينتقل المرض بالقفازات من الحشائش المجاورة، ولكن نادرا ما يحدث المرض أضرارا اقتصادية.
عفن الجذور الأسود الذي يصيب الجزر: يسبب الفطر مرض يسمى (basicola Thielaviopsis) يعمل على نمو المرض عادة بعد جني المحصول على الرغم من أن الفطر يكون في التربة، ولكن يمكن منع المرض بغسيل الجزر من الأوساخ ثم التبريد مباشرة إلى 7 درجات مئوية، ثم نقع الجزر في ماء به بعض الكلور قبل تغليفه في أكياس.
عفن النترناريا الذي يصيب الجزر: ينتج هذا المرض عن فطر (Alternaria radicena) وينتشر هذا الفطر في كل الأماكن، ويعمل على إضعاف الجزر بالإضافة إلى محاصيل أخرى كالبقدونس والفجل ونباتات ذات أنواع أو الفصائل الخيمية، وينمو هذا الفطر على أجزاء النبات في الجزر في الموسم الأول الخضري، ويبدأ نموه في الموسم الثاني من مرحلة التكثير الخضري حيث تظهر على الأوراق السفلى بقع بنية مغطاة بزغب اخضر مسود.
وتلتقي هذه البقع مع بعضها البعض لتتسع على سطح الورقة كاملة، وهذه الأوراق يصبح لونها بني وتضعف كثيراً، وبعد ذلك يسقط الفطر إلى الثمرة التي تكون في التربة مسبباً المرض للجذر وتعفنه، وبالتالي ينتقل العفن الأسود إلى الساق، حيث يسود المكان السفلي منه وتنتقل العدوى عن طريق أجزاء نباتية مثل البذور والثمار أثناء الحفظ فإن المرض يظهر على شكل بقع سوداء.